Девочка-волшебница Мадока★Волшебный фильм 3: История восстания

После победы Мадоки Канамэ над законом циклов мир изменяется. Девушка становится существом, существующим вне привычной реальности, а её человеческая жизнь исчезает из памяти большинства людей. Однако Хомура Акэми продолжает помнить Мадоку. Она сохраняет воспоминания о прежних временных линиях и знает, что Мадока пожертвовала собой ради спасения всех девочек-волшебниц. Хомура пытается жить в новом мире, но вскоре начинает замечать странности. Она снова становится ученицей школы Митакихара и вместе с Саякой Мики, Мами Томоэ, Кёко Сакурой и Мадокой оказывается участницей событий, похожих на обычную школьную жизнь.

При этом окружающий город наполнен существами, напоминающими кошмарных монстров. Хомура начинает понимать, что находится внутри необычного барьера. Вместо обычных ведьм здесь появляются существа, связанные с её собственным подсознанием. Девушка пытается выяснить происхождение пространства и обнаруживает, что барьер принадлежит ей самой. Кюубэй признаётся, что после событий предыдущей истории Хомура стала носителем огромного количества проклятой энергии. Инкубаторы решили воспользоваться этим состоянием, чтобы изучить силу, изменившую законы Вселенной. Они изолировали душу Хомуры и создали пространство, в котором можно наблюдать за её сознанием.

Внутри барьера Хомура живёт иллюзией нормальной школьной жизни, однако постепенно начинает вспоминать реальность. Она понимает, что Мадока находится рядом с ней, но одновременно знает, что настоящая Мадока должна существовать за пределами человеческого мира. Хомура пытается разрушить барьер самостоятельно, однако Кюубэй препятствует этому. Он хочет дождаться появления Мадоки, чтобы исследовать силу Закона циклов. Саяка и Мами начинают подозревать, что происходящее ненормально. Саяка постепенно вспоминает события прежних временных линий и понимает истинную природу Хомуры.