Тетрадь смерти: Перезапись

История начинается в мире богов смерти, где один из синигами приходит к Рюку, чтобы узнать подробности о человеческом мире. Загадочный собеседник интересуется необычной историей, связанной с человеком, который получил возможность распоряжаться человеческими жизнями, поэтому Рюк соглашается рассказать ему о событиях, произошедших после появления Тетради смерти. В центре повествования оказывается Лайт Ягами, выдающийся школьник, случайно обнаруживший оставленную Рюком тетрадь. Правила предмета позволяют убивать человека, если записать его имя, представляя лицо жертвы.

Сначала Лайт воспринимает находку как невероятную возможность проверить существование сверхъестественных сил, однако вскоре начинает использовать тетрадь против преступников. Он приходит к убеждению, что способен очистить общество от преступности и создать новый мир, где станет единственным вершителем справедливости. Массовая гибель преступников привлекает внимание властей и получает название деятельности Киры. Таинственный убийца быстро становится предметом общественного обсуждения, поскольку преступники начинают умирать один за другим без видимой причины. Полиция оказывается практически бессильна, поэтому расследование возглавляет загадочный детектив, известный только как L.

Между Лайтом и L начинается интеллектуальное противостояние, в котором каждый пытается вычислить личность другого. Лайт продолжает использовать Тетрадь смерти, одновременно изображая обычного школьника и сотрудничая с полицейским расследованием. Позже появляется Миса Аманэ, знаменитая модель, которая также получает Тетрадь смерти от синигами Рэм. Она становится второй Кирой и разыскивает настоящего Киру, поскольку считает его человеком, близким ей по убеждениям. Миса располагает глазами синигами, позволяющими видеть настоящее имя человека и срок его жизни, однако взамен она сокращает собственную продолжительность жизни.