Цикл историй: Второй сезон

После событий первого сезона жизнь Арараги Коёми продолжает оставаться связанной с людьми и сверхъестественными существами, которых он встретил во время предыдущих происшествий. Койоми пытается завершить старые дела и одновременно разобраться с новыми аномальными явлениями, возникающими вокруг него. Вторая часть истории начинается с событий, связанных с Арараги и его знакомыми, однако постепенно повествование переходит к отдельным героям и событиям, которые раскрывают причины многих прежних происшествий. Одной из центральных линий становится история Ханэкавы Цубасы, которая продолжает испытывать последствия встречи с призрачной кошкой.

Её подавленные чувства и внутренние проблемы снова получают сверхъестественное проявление, превращая знакомую ситуацию в новую угрозу. Койоми пытается помочь Ханэкаве, однако сталкивается с тем, что происходящее связано не только с внешним существом, но и с её собственными эмоциями. Позже повествование возвращается к Койоми и Сэндзёгахаре Хитаги, которые продолжают строить отношения после событий, изменивших их прежнюю жизнь. Койоми одновременно сталкивается с другими девушками, связанными с необычными явлениями, поэтому личные отношения героя постоянно пересекаются со сверхъестественными расследованиями.

Важную роль получает Сэндзёгахара, которая пытается разобраться в собственных чувствах и отношениях с Койоми, сохраняя привычную манеру общения. Далее история переносится к событиям, связанным с Канбару Суруга, которая сталкивается с проблемами, связанными с собственной природой и таинственным существом, связанным с её рукой. Появление нового противника заставляет героев искать источник происходящего и выяснять, почему сверхъестественная сила снова проявилась именно рядом с Канбару. Отдельная сюжетная линия посвящена Синобу Ошино, которая постепенно раскрывает своё прошлое и связь с Койоми.