Евангелион 3.0+1.01: Как-то раз

После событий предыдущего фильма Синдзи Икари, Аска Сорю Лэнгли и Рей отправляются вместе с другими выжившими в район поселения, расположенного вдали от основных боевых действий. Земля пережила несколько катастроф, поэтому привычный мир практически исчез, а отдельные группы людей пытаются восстановить разрушенные территории. Синдзи находится в тяжёлом состоянии после произошедших событий и практически не понимает, каким образом должен продолжать жить после многочисленных потерь. Рей, которую окружающие называют временным именем, также пытается разобраться в человеческой жизни и впервые получает возможность наблюдать обычный быт без постоянного участия в сражениях.

Аска продолжает сопровождать Синдзи, однако относится к нему значительно жёстче из-за последствий его предыдущих решений. В поселении герои сталкиваются с людьми, которые выращивают продукты, восстанавливают здания и пытаются вернуть разрушенному миру нормальный порядок. Для Синдзи эта жизнь становится первым опытом существования среди людей, не связанных непосредственно с Евангелионами и постоянной войной. Тем временем организация WILLE продолжает противостоять NERV, а Мисато Кацураги руководит операциями против сил Гэндо Икари. WILLE готовится к новой атаке, поскольку NERV продолжает реализовывать план, способный окончательно изменить устройство мира.

Синдзи пытается понять причины произошедших катастроф и собственную роль в них, однако окружающие не готовы дать ему простые ответы. Рей постепенно привыкает к жизни в поселении, учится выполнять бытовые обязанности, общаться с людьми и воспринимать собственное существование независимо от приказов NERV. Когда её состояние начинает ухудшаться, становится ясно, что она не может продолжать существовать в обычной человеческой среде так долго, как остальные жители. Синдзи вновь оказывается перед необходимостью принять решение относительно своего будущего и отношения к Евангелиону.