Евангелион нового поколения: Конец Евангелиона

После победы над последним Ангелом Синдзи Икари оказывается в состоянии глубокого эмоционального кризиса и практически не способен самостоятельно справляться с переживаниями. Он находится в больнице рядом с Аской, которая после предыдущих событий остаётся без сознания. Синдзи приходит к ней, пытается добиться реакции девушки и оказывается в состоянии сильного внутреннего напряжения. После случившегося его чувство вины и стыда усиливается, а психологическое состояние становится ещё тяжелее. Тем временем Гэндо Икари начинает действовать самостоятельно и окончательно разрывает отношения с SEELE, преследуя собственный план запуска Третьего удара.

Его главной целью становится встреча с погибшей женой Юи, поэтому он рассчитывает использовать Рей и Лилит, находящуюся в «Конечной догме». Гэндо намерен соединить силы, связанные с Евангелионами, Лилит и Рей, чтобы запустить процесс, способный изменить существование человечества. Однако SEELE также готовит собственный вариант Третьего удара и рассматривает NERV как организацию, которую необходимо уничтожить до завершения подготовки. Контролируя силы ООН, SEELE отдаёт приказ JSSDF начать вооружённое нападение на Токио-3 и штаб-квартиру NERV. Военные подразделения начинают масштабную операцию против Геофронта, стремясь проникнуть внутрь комплекса и уничтожить сотрудников организации.

Город подвергается атакам, а солдаты используют взрывчатку и тяжёлое вооружение для разрушения защитных сооружений. Войска JSSDF проникают в подземные уровни, уничтожая сопротивляющихся сотрудников NERV и постепенно приближаясь к центральным объектам комплекса. Командование NERV пытается организовать оборону, однако обычные силы организации оказываются значительно слабее атакующей армии. Оставшиеся сотрудники стремятся сохранить контроль над Евангелионами и не допустить захвата главных систем управления. Синдзи получает приказ вернуться к своему Евангелиону, однако психологическое состояние мешает ему сразу выполнить распоряжение.