Евангелион нового поколения: Смерть и перерождение

Человечество продолжает бороться с Ангелами — загадочными существами, атаки которых угрожают существованию цивилизации. Главным оружием организации NERV становятся гигантские биомашины Евангелионы, которыми управляют специально подготовленные подростки. Синдзи Икари оказывается пилотом Евангелиона-01 после того, как его отец Гэндо Икари вызывает сына в Токио-3. Подросток должен сражаться с Ангелами, хотя не понимает настоящей цели NERV и практически не имеет эмоциональной связи с отцом. Рядом с ним находятся Рей Аянами и Аска Лэнгли Сорью. Рей управляет Евангелионом-00 и сохраняет загадочное происхождение, тогда как Аска является пилотом Евангелиона-02 и постоянно стремится доказать своё превосходство.

Фильм состоит из двух частей. В первой части показываются ключевые эпизоды жизни Синдзи, начиная с его прибытия в Токио-3 и продолжая сражениями с Ангелами. Подросток постепенно привыкает к роли пилота, хотя каждый бой оставляет серьёзные психологические последствия. Его отношения с отцом остаются напряжёнными, поскольку Гэндо рассматривает сына прежде всего как необходимого участника проекта NERV. Рей демонстрирует почти полное отсутствие эмоций, однако постепенно начинает проявлять интерес к окружающим. Аска, напротив, стремится быть первой во всём и болезненно реагирует на собственные поражения.

По мере развития событий становится ясно, что нападения Ангелов являются только частью гораздо более масштабного плана. NERV скрывает сведения о происхождении противников, а SEELE контролирует организацию и требует от Гэндо выполнения определённой программы. Вторая часть фильма начинается с новых кадров и событий, которые подводят зрителя к кризису внутри NERV. После поражения Аски её психическое состояние резко ухудшается. Девушка теряет способность нормально управлять Евангелионом и оказывается изолирована от окружающих. Рей получает новое задание, а Синдзи продолжает сомневаться в необходимости сражений. Тем временем появляется Кавору Нагиса, загадочный подросток, которого SEELE отправляет в NERV в качестве нового пилота.