Темнее чёрного: Близнецы и падающая звезда

После событий первой истории мир продолжает жить в реальности, изменённой появлением Врат и людей, обладающих сверхъестественными способностями. В России живёт Суо Павличенко, девушка смешанного происхождения, которая проводит время вместе с отцом Михаилом и братом-близнецом Сионом. Сион обладает способностями Контрактора и передвигается в инвалидном кресле, однако его настоящее состояние значительно сложнее, чем кажется окружающим. Однажды дом семьи Павличенко атакует Хэй, известный убийца-Конрактор, получивший задание найти Сиона и связанный с ним сверхъестественный объект. Хэй ошибочно принимает Суо за её брата и нападает на девушку, одновременно убивая Михаила.

Суо удаётся выжить и скрыться, после чего она оказывается втянута в охоту нескольких организаций. Девушка пытается разобраться в причинах нападения, однако вскоре становится целью российских и японских спецслужб, заинтересованных в местонахождении Сиона. Хэй также начинает искать близнеца, поскольку понимает, что события вокруг семьи Павличенко связаны с гораздо более крупной угрозой. Во время бегства Суо встречает Мао, бывшего союзника Хэя, который помогает ей скрыться от преследователей. Позже к ним присоединяется Джули, молодой агент, способный воспринимать происходящее необычным образом.

Хэй решает обучить Суо защищаться, поскольку девушка оказывается совершенно неподготовленной к опасности. В процессе тренировок Суо постепенно приобретает способности Контрактора, хотя продолжает сохранять человеческие эмоции и отказывается убивать людей. Она договаривается с Хэем, что будет использовать полученные возможности для защиты себя и товарищей, но не станет лишать жизни противников без необходимости. Вместе они отправляются в Токио, где пытаются найти Сиона и Инь. Путь оказывается связан с множеством организаций, каждая из которых преследует собственные цели и пытается получить контроль над людьми, связанными с Вратами.